由于對細菌和病毒很恐懼，所以市場(chǎng)上宣傳以除菌為主的凈水器很受消費者歡迎。但如果使用的水源是自來(lái)水的話(huà)，除菌則是選購凈水器最大的概念誤區。因為自來(lái)水已投加了足以殺滅所有細菌的氯氣，且末梢自來(lái)水的余氯含量不低于國家標準0.05mg/L，完全可以保證用戶(hù)水龍頭出水不含任何細菌。

相反，對市場(chǎng)上某些凈水器進(jìn)行的檢測結果表明，使用幾天后，如果不進(jìn)行反沖洗，本來(lái)合格的自來(lái)水流過(guò)凈水器后細菌總數將遠遠超過(guò)飲用水標準范圍。既使定時(shí)進(jìn)行反沖洗，隨著(zhù)使用時(shí)間的增加，細菌含量也會(huì )逐漸升高直至超標，并且，其去除有害物質(zhì)的能力也逐漸下降，當出水量超過(guò)凈水器的額定凈水量后，有害物質(zhì)還會(huì )釋放到水中。

美國聯(lián)邦環(huán)保署曾警告使用凈水器的消費者要將水煮沸后再飲用，其主要目的是殺滅由凈水器帶入水中的細菌。